Nace en Sahagún, en el año 1513. Era probablemente hijo segundón o natural de Juan Ponce de León, el descubridor de La Florida e intrépido expedicionario para encontrar allí las aguas de la inmortalidad. Tomó el hábito en la abadía el 3 de noviembre de 1526.
Pocos años fueron los que vivió Fray Pedro Ponce de León en el monasterio de su villa natal - quizás por encontrarse incómodo en Sahagún, dado que era miembro de las familias mas ilustres del lugar -, pasando pronto al monasterio de San Salvador de Oña, en el que transcurrió el resto de su vida, dejando de existir en 1584. Y en Oña, sin ocupar cargos de importancia, entregado tan solo al estudio y a la meditación, supo adquirirse renombre de inmortalidad entre los grandes de la historia, con su ARTE DE ENSEÑAR HABLAR, ESCRIBIR Y ENTENDER LO ESCRITO LOS MUDOS. Arte que Fr. Pedro atribuía a sus dos santos favoritos, el precursor y el patrono del monasterio de Oña.
Enseñó a comunicarse mediante señas a los tres hermanos del Condestable de Castilla y a Gaspar de Gurrea, hijo del Justicia de Aragón.
Lleva su nombre el Instituto de Sordomudos de Madrid, donde una estatua le recuerda también en el parque del Retiro.